Hay muchos usuarios que se preguntan por qué PHP-Nuke está tan orientado a entornos Linux. La respuesta es sencilla, el proyecto comenzó siendo el sistema utilizado para un sitio llamado Linux Preview. Con el tiempo se ha ido adaptando a los usuarios Windows debido, sobre todo, a que Apache, PHP y MySQL han sido portadas a dicha plataforma.
La primera versión de PHP-Nuke vió la luz en Junio del año 2000, era la versión 1.0. La versión 2.02 apareció en Julio del mismo año. En Agosto se lanzan las versiones 2.5 y 3.0. Las versiones 3.5 y 3.6 salen en Septiembre. En Octubre saldría la revolucionaria 4.0, junto con las actulizaciones 4.2 y 4.3.
El año 2001 nos traería muchas novedades. Las versiones 4.4 y 4.4.1 sólo supusieron afinar la serie 4.x.
Un año después de la primer versión, saldría la primera versión de la actual serie, PHP-Nuke 5.0, llena de novedades. En julio y agosto aparecen las actualizaciones 5.0.1, 5.1 y 5.2.
En noviembre aparece la versión 5.3 que trae, como novedad más destacada, la abstracción de la base de datos.
Las versiones 5.3.1 (noviembre) y 5.4 (enero 2002) suponen el paso previo a la actual versión. La versión 5.5 es una reestructuración de PHP-Nuke, ahora el sistema es totalmente modular.